Bioinformatik

Molekularbiologie im Internet

Hauptseite

Termine

Bioinformatik

Literatur

Übungen

Aufgaben

Datenbanken

Software

Sequenzvergleiche

Homologiesuche

Motivsuche

Hidden Markov-Modelle

Hydrophobizitäts-Analyse

Topologie und Helixpackung

Proteinlokalisation

Sekundärstruktur

Super-Sekundärstruktur

3D-Struktur

 

PROSITE profile (as listed in the MA line):

The MA (MAtrix) lines contain the definition of a PROSITE profile (with normalized values) and some more information, such as a CUT OFF level.

    Example of a profile

                      F    K    L    L    S    H    C    L    L    V
                      F    K    A    F    G    Q    T    M    F    Q
                      Y    P    I    V    G    Q    E    L    L    G
                      F    P    V    V    K    E    A    I    L    K
                      F    K    V    L    A    A    V    I    A    D
                      L    E    F    I    S    E    C    I    I    Q
                      F    K    L    L    G    N    V    L    V    C
    
              A     -18  -10   -1   -8    8   -3    3  -10   -2   -8
              C     -22  -33  -18  -18  -22  -26   22  -24  -19   -7
              D     -35    0  -32  -33   -7    6  -17  -34  -31    0
              E     -27   15  -25  -26   -9   23   -9  -24  -23   -1
              F      60  -30   12   14  -26  -29  -15    4   12  -29
              G     -30  -20  -28  -32   28  -14  -23  -33  -27   -5
              H     -13  -12  -25  -25  -16   14  -22  -22  -23  -10
              I       3  -27   21   25  -29  -23   -8   33   19  -23
              K     -26   25  -25  -27   -6    4  -15  -27  -26    0
              L      14  -28   19   27  -27  -20   -9   33   26  -21
              M       3  -15   10   14  -17  -10   -9   25   12  -11
              N     -22   -6  -24  -27    1    8  -15  -24  -24   -4
              P     -30   24  -26  -28  -14  -10  -22  -24  -26  -18
              Q     -32    5  -25  -26   -9   24  -16  -17  -23    7
              R     -18    9  -22  -22  -10    0  -18  -23  -22   -4
              S     -22   -8  -16  -21   11    2   -1  -24  -19   -4
              T     -10  -10   -6   -7   -5   -8    2  -10   -7  -11
              V       0  -25   22   25  -19  -26    6   19   16  -16
              W       9  -25  -18  -19  -25  -27  -34  -20  -17  -28
              Y      34  -18   -1    1  -23  -12  -19    0    0  -18
    

 

Latest update: October 4, 2004


Ralf Koebnik
Institut für Genetik
Abt. Pflanzengenetik
Weinbergweg 10
06120 Halle/Saale
Telefon: 0345 / 55 26 293 (Büro) bzw. 296 (Labor)
Fax: 0345 / 55 27 151
Email: koebnik (at) gmx.de
Please replace (at) by @.


Home Zurück zur Hauptseite